De acuerdo con el expediente 299/2010, el Segundo Tribunal Colegiado resolvió el recurso de revisión contra el amparo otorgado el 13 de mayo de 2010 a Freyre Morales por el Juzgado Séptimo de Distrito del Centro Auxiliar de la Segunda Región con sede en San Andrés Cholula, Puebla, contra el fallo de la Sala Auxiliar del Tribunal Superior de Justicia, que confirmó el auto de formal prisión dictado por el Juzgado Primero Penal del Primer Distrito Judicial del estado de Morelos el 11 de noviembre de 2006 por el homicidio de Rugiero Martínez Baez.
El tribunal federal determinó que sí existen elementos para que el ex policía sea procesado por el delito de homicidio en agravio del Martínez Baez, por lo que determinó modificar la sentencia del juzgado federal y negar la protección de la justicia al también implicado en el secuestro homicidio del empresario Hugo Alberto Wallace.
César Freyre Morales alegaba que sí participó en la inhumación clandestina del cuerpo pero no en el homicidio Martínez Baez, cuyo cuerpo fue localizado en una residencia propiedad del ex policía durante las investigaciones encabezadas por la señora Isabel Miranda de Wallace, quien desde el 2005 busca el cuerpo de su hijo Hugo, secuestrado y asesinado por la banda de plagiarios que encabezaba Freyre.
Freyre Morales actualmente está preso en el penal de máxima seguridad del Altiplano; actualmente purga dos sentencias: la primera de nueve años de prisión y una multa de 156 días de salario mínimo por su presunta responsabilidad en la comisión de los delitos de posesión de arma de fuego y de cartuchos de uso exclusivo del Ejército, Armada y Fuerza Aérea; y la segunda por 47 años de cárcel y el pago de una multa superior a los 500 mil pesos por los delitos de secuestro en agravio del empresario Hugo Alberto Wallace, delincuencia organizada y violación a la Ley Federal de Armas de Fuego y Explosivos.
Sus cómplices Juana Hilda González Lomelí obtuvo una pena de 28 años de cárcel y 120 mil pesos de multa, mientras que Antonio y Alberto Castillo 39 años de cárcel y una multa de 220 mil pesos.