De acuerdo con el Sistema Nacional de Alerta de Violación a los Derechos Humanos de la CNDH, el estado de Morelos se ubica en lugar 21 de 32, entre las entidades con el menor número de quejas contra dependencias federales.
De las 48 quejas, el órgano desconcentrado de prevención y readaptación social de la Secretaría de Seguridad Pública Federal (SSP) concentra el mayor número de quejas, al acumular en el periodo de enero a abril de 2012 un total de 12 quejas (25 por ciento) por omitir atención médica a internos del CEFEREPSI, realizar acciones contra la personas privadas de su libertad, omitir otorgar la libertad preparatoria y la remisión parcial de la pena o el tratamiento preliberacional.
Le sigue la Secretaría de la Defensa Nacional con seis quejas por no cumplir con las formalidades para la obtención y ejecución de órdenes de cateo o visitas domiciliarias; trato inhumano, cruel o degradante; detenciones arbitrarias e intimidación; y por apoderarse de un bien de manera ilegal.
La Procuraduría General de la República (PGR) y la Policía Federal acumularon siete quejas (14.5 por ciento) por ejercicio indebido del servicio público; trato cruel, inhumano o degradante; violencia durante la detención y omitir procedimientos previstos en la Ley para Adolescentes en la detención de menores de edad.
El Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) y el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores al Servicio del Estado (ISSSTE) acumularon un total de nueve quejas, principalmente por negligencia médica, por omitir las peticiones de los derechohabientes, negar el servicio médico y no implementar la infraestructura necesaria para prestar servicios.
Otras autoridades federales que enfrentan quejas en Morelos ante la CNDH son las delegaciones de la Secretaría de Desarrollo Social, la Comisión Federal de Electricidad, la Procuraduría Federal del Consumidor, la Comisión Nacional del Agua, el Registro Agrario Nacional, la Secretarían de la Reforma Agraria, la Junta Federal de Conciliación y Arbitraje y la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP).
