Por unanimidad, los ministros del Alto Tribunal determinaron que no procedía analizar y discutir la controversia, debido a que el Ayuntamiento tepozteco carecía de legitimidad jurídica. Bajo este argumento, determinó el sobreseimiento.

En febrero de 2010, la Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación determinó que por la relevancia del tema era necesario turnar al pleno del Alto Tribunal para su resolución la controversia constitucional 60/2008, promovida por el municipio de Tepoztlán en contra del Reglamento de la Ley de Bioseguridad de Organismos Genéticamente Modificados, publicado en el Diario Oficial de la federación el 19 de marzo de 2008.

Lo anterior por considerar que dicha disposición violaba lo dispuesto por los artículos 1, 2, 4, 14, 16, 25, 27, 73, 89, 115, 131 y 133 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, al no haberse dado intervención a los pueblos y comunidades indígenas asentados en su territorio, tanto en su proceso de elaboración como en su texto finalmente aprobado, y vulnerar, además, su esfera competencial en materia ambiental. Asimismo, se impugnaba el proceso legislativo en torno al tema del maíz transgénico.