El origen del equipo fue en el año de 1938, en donde un grupo de jóvenes y operarios del Ingenio Azucarero forman el cuadro del equipo cañero; para el año de 1948, don Rodrigo Ampudia del Valle forma el Club Social y Deportivo Zacatepec, con la intención de incursionar en el profesionalismo.

En 1954-1955 logran el primer título de su historia en el fútbol profesional al vencer al Guadalajara y su técnico era Ignacio Trelles; 1957-1958 la segunda estrella de la “Z” llega otra vez bajo el mando de Trelles, tras vencer en la final al Toluca; 1959-1984 el Club sufre altibajos y juega alternando en la Primera y Segunda División.

Para el siete de septiembre de 1985, los fuertes problemas financieros del Ingenio que como empresa eran dueños, decide cederlo al Club Deportivo Zacatepec A.C. como socios accionistas a los ex futbolistas Alfredo “El Harapos” Morales, Francisco Larios, Marlon Dávila, Miguel Ramírez, Antonio Tafolla y Rodolfo Sotelo, quienes a su vez negocian con Alfredo Rodríguez Dorantes que se convierte en dueño y presidente.

Rodolfo Sotelo señaló: “después del descenso del Zacatepec en el año de 1985, llegamos a un arreglo porque ya la empresa Azúcar C.A. se deslindaba del Ingenio, y entonces tendríamos problemas económicos para sostener el equipo, y yo junto con Miguel Ramírez y Alfredo “El Harapos” Morales teníamos contrato vigente con el Club y teníamos una ficha de presencia, por lo que nos tenían que pagar obligatoriamente, además de las mensualidades del año, y ese fue un cambio, ya que existía un compromiso del Ingenio con nosotros y por obvias razones no teníamos la capacidad económica para echar a andar al equipo y, bueno nos hicimos una sociedad con don Alfredo y don Héctor, ya que ellos eran y siguen siendo los socios capitalistas para poder seguir con este equipo”.

El ex jugador conocido como el Trikis, mencionó, “nuestra intención como socios accionistas y como un proyecto es rescatar aquel equipo glorioso de mucha tradición, mismo que terminó en esa bella época con el despojo que hizo el Gobierno del estado a sus dueños”.

“La firme intención de rescatar el nombre sigue, ya que Juan Antonio le cambió a Leones, y bueno rescatar todo, hasta los colores e incluso hasta rescatar los trofeos que son los que hicieron grandes aquel Zacatepec, y para que los mismos aficionados puedan verlos, y sobre todo revivir aquellas épocas gloriosas”.

Por su parte, Carlos Paniagua Torres declaró: “yo quiero comentar que este equipo que está ahorita en estos momentos ocupando las instalaciones del Agustín “Coruco” Díaz no es el equipo Zacatepec, sino el Zacatepetl, quisiera que eso quedara totalmente claro, para que la gente que no lo sabe, sepa la verdad, porque el verdadero Zacatepec es el Zacatepec de la franquicia que estamos peleando que es la de Querétaro; nosotros somos el club deportivo Zacatepec A. C., cuando nos quitó a nuestro equipo, el Gobierno del estado, en ese entonces estaba como gerente administrativo, y a mí me lo quitó el Gobierno regresando de Salinas Cruz que fue donde jugamos, y cuando regresamos, el día domingo por la mañana, nos encontramos varias patrullas estatales, judiciales, que fue en el año 1989, así fue como nos quitaron el equipo, no podíamos ingresar a la oficina y nos dijeron en ese entonces que sólo tenía derecho de hacer una llamada telefónica avisándole al dueño y que nada más”.

Añadió, “le hablé avisándole, la verdad fue una forma de actuar muy arbitraria del Gobierno en contra de él, no se les había hecho nada y ni se les debía, entonces fue una manera de actuar de mucha prepotencia; pero nunca hemos perdido la fe, nunca hemos dejado de luchar por rescatar al verdadero Zacatepec”.

El 31 de julio de 1992, Juan Antonio Hernández realizó el contrato de compra-venta de la asociación civil denominada Centro Social y Deportivo Zacatepec. Cabe señalar que Hernández pasó por alto el contrato donde hay cláusulas, en donde especifica en la cuarta y se lee que el comprador se compromete a no cambiar de sede la franquicia del equipo.

En el 14 de septiembre 1994 se realiza el contrato de comodato en el que el Gobierno del estado cede a Juan Antonio Hernández la propiedad y administración del equipo cañeros del Zacatepec, además del uso del estadio Agustín “Coruco” Díaz.

Pero hay dentro de ese contrato diez cláusulas de las que destaca la tercera, en la que se señala que el término de vigencia del contrato será por cinco años a partir del 14 de septiembre de 1994, es decir tenía que concluir el 14 de septiembre pero de 1999. Ya para el 2002, Alfredo Rodríguez presenta la anulación por la franquicia y hasta el día de hoy continúa ese problema.

La temporada pasada en la Tercera División Profesional, el equipo de los cañeros era llamado Zacatepetl, y hoy en este nuevo torneo 2012-2013 lleva por nombre Zacatepec 1948; esto debido a que la federación no ha dado documento alguno para utilizar el nombre real que es Zacatepec. Este problema se reaviva en el momento en que el gobernador Graco Ramírez Garrido Abreu ha decidido comprar una franquicia para que Morelos vuelva a tener un equipo importante, además de construir un nuevo estadio.